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    百迈客Nanopore创造世界记录!

    百迈客CEO郑洪坤先生等与Oxford Nanopore 商业运营副总裁Richard等合影

    2019年1月23日,Oxford Nanopore Technology公司(以?#24405;?#31216;ONT)技术团队再次来访北京百迈客生物科技有限公司,并就ONT平台发展,公司战略等进行深入的合作交流。此次来访,ONT技术人员宣布:当前用户中,PromethION单Cell最高产出记录由百迈客产生(162 Gb/Cell),此记录成为了当前ONT用户中单Cell产出的世界之最!

    Nanopore平台是新兴的实时单分子纳米孔测序技术平台:借助单个分子通过纳米孔时引起孔两侧电位差来实?#20013;?#21495;检测,纳米孔的直径仅允许单个核苷酸聚合物通过,而ATCG四种碱基的带电性质不同,因此通过电信号差异特征即可检测出通过纳米孔的碱基类型,从而实现测序。

    慕然回首,距离百迈客开启第一个Nanopore研发项目已经近2年时间,各方面的技术与平台服务已经十分成熟当前已经有3台ONT测序通量最高的PromethION在百迈客投产(了解详情)。

    关于平台是否好用?技术是否成熟?项目经验丰富吗?百迈客实力究竟如何?关心的物种有没有参考?#21103;輳?#24819;必大家非常?#34892;?#36259;,有非常多的信息需要了解!为了让广大用户了解百迈客在ONT平台上的实力,小编将不定期开发ONT平台的数据产出情况。

    2019年1月下机数据(部?#37073;?/p>

    注:Species:分析的物?#20013;?#24687;;SeqNum:各个长度范围内序列的数目;SumBase:指各个长度范围内序列的总长度;N50Len:reads N50长度;N90Len:readsN90长度;MeanLen:平均reads长度;MaxLen:最长reads长度;MeanQual:质量值,准确度=1-10^(-Q/10)。

    最新数据?#20801;荊?#30446;前reads N50几乎均在25 Kb以上,平均Reads N50达到了35 Kb?以上!最长reads N50高达52.8 Kb,最长Reads更是高达1.6 Mb,质量值?#24067;?#20046;都维持在8以上(碱基准确率~85 %)。PS: 这里的碱基准确率是指未经过?#26469;?#19982;polish的数据。当组装后经过?#26469;?#19982;polish之后,碱基的准确度均在99.99%以上。之前小编已经给大家科?#23637;?/p>

    如果大家了解三代主流的组装方法的话,相信大家一定知道,数据越长,对组装的帮助越大。小编截获的最新数据相应的组装情报如下

    2019年1月组装数据(部?#37073;?/p>

    注:Species:分析的物?#20013;?#24687;;CtgNum:contig数目;CtgLen:contig总长度;CtgN50:contigN50长度;CtgN90:contigN90长度;CtgMax:最长contig长度。

    ContigN50是衡量基因组组装好坏的一个重要?#21103;輳?#19968;定程度上来说,contigN50值越高表示组装的质量越好。最新组装数据表中,ONT的组装数据中contigN50水平均在1 Mb以上(测序深度的高低会有一定的影响,为了更?#31859;?#35013;?#21103;輳?#19968;般建议进行100X以上),杂合度高的物种组装结果同样会略逊色于其它简单物种。相较之前最强水产组装结果(N50>22 Mb),ONT作物组装N50最高值再创新高,达到了27 Mb!(数据评估结果点击查看)不管大?#20197;?#20040;看,反正小编被如此高的?#21103;?#28145;深的震撼了,希望技术团队再接再厉,创造新的记录!

    好啦,今天的介绍到此为止,欲知后事如何,且听小编下回分晓!

     

    如果您对nanopore最新测序服务?#34892;?#36259;,?#38431;?#28857;击下方按钮体验!

     


     

    北京百迈客生物科技有限公司是中国大陆目前首家且唯一一家全?#23458;?#36807; PromthION/GridION平台及DNA/RNA样?#31455;?#26041;?#29616;?#30340;公司。

    截至目前为止,百迈客ONT平台已经建立超过上百种物种类型的?#30446;猓?#25317;有大量的项目经验!无论是技术还是项目经验上,我们都实力过硬!如今越来越多可喜的结果已经交付到各位老师的手中~

    2018年,百迈客合作文章影响因子累计超过500+!Nature Genetics、Nature Communications、Molecular Plant、Gigascience…合作项目文?#30053;?#28304;不?#24076;?/p>

     

     

     

     

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